Geboren 1952 in Basel. Ausbildung an der Hochschule für Gestaltung und Kunst in Basel (1972–76). Studium an der Universität Basel in Kunstgeschichte, Ethnologie und Europäischer Volkskunde (1978–85). Parallel dazu Kunstkritik, breite Vermitt­lungs- und Beratungs­tätigkeit sowie erste Ausstellungen.

Ab 1986 Kurator, dann 1990 Direktor des Museums für Gestaltung Zürich, ab 1997 zudem Direktor des Museums Bellerive Zürich. Zahlreiche Ausstellungen und Publikationen, insbesondere zu Design, Fotografie, Kunst, Medien, Populärkultur. Vorträge und Lehrveranstaltungen an Museen und Hochschulen im In- und Ausland, darunter Montreal, Paris, Universität Zürich, ETH Zürich. 1995–97 Gastprofessor an der Staatlichen Hochschule für Gestaltung Karlsruhe. Seit 1998 Stiftungsrat des Architekturmuseums Basel. 2000 Gastdozent an den Universitäten Bern (Nach­diplomstudium Fachdidaktik) und Basel (Kulturmanagement) sowie 2003/04 Dozent an der Universität für angewandte Kunst Wien (Exhibition und Cultural Communica­tion Management).

Von 1999–2003 künstlerische Direktion der Schweizer Landesausstellung Expo.02. Danach selbständiger Kulturunternehmer (Heller Enterprises Zürich), Autor und Aus­stellungsmacher mit Mandaten in Deutschland, Österreich und der Schweiz, darunter künstlerische Leitung der Bewerbung Bremens als Kulturhauptstadt Europas 2010, Steuerung der Tiroler Landesausstellung 2005 («Die Zukunft der Natur») sowie Erstellung einer Machbarkeitsstudie zur Entwicklung des Kasernenareals in der Zürcher City. Ab 2004 Mitglied des Verwaltungsrates der Vitra International AG. Regelmässige Vortragstätigkeit im In- und Ausland, auch Seminarien, Texte für Zeitschriften, Kataloge, Bücher.

Martin Heller ist verheiratet, hat eine zwölfjährige Tochter und lebt mit seiner Familie in Zürich.